Как извлечь значения ресурсов, указанных в директиве PBS, чтобы они могли отображаться в другие переменные среды?

Этот вопрос возникает при попытке найти скрипт в моем компьютерном кластере, который может позволить более удобное управление квантовохимическими расчетами на гауссовском языке. Руководство пользователя моего хоста дает следующее:

Gaussian 09 предлагает альтернативный способ передачи значений программы для количества процессоров, объема памяти и дискового пространства для использования. Вместо указания% mem,% nprocshared и Maxdisk во входном файле, вы можете найти более привлекательным для использования переменных среды Gaussian $ GAUSS_PDEF, $ GAUSS_MDEF и $ GAUSS_RDEF. Использование этих переменных позволяет преобразовать значения задания PBS для ncpus, mem и jobfs в переменные среды, которые читаются Gaussian 09. Мы предлагаем вам попробовать скрипт bash 'g09.sh' вместо 'g09' в команде строка сценария PBS. Скрипт выполняет это преобразование для вас и запускает программу, информируя ее о настройках PBS. Синтаксис использования скрипта прост:

К сожалению, похоже, что скрипт больше не существует в кластере (и я не могу полностью проверить это, так как в качестве пользователя доступ не разрешен в / root, хотя я действительно могу попасть в папку / и проверить / приложения и / модули, которые хранит программное обеспечение и модули среды.

Это означает, что я должен основываться на этой информации, пытаясь написать собственный скрипт, который выполняет ту же задачу для меня. Типичный PBS, используемый хостом, выглядит следующим образом:

#!/bin/bash #PBS -l walltime=20:00:00 #PBS -l ncpus=4 #PBS -l mem=4GB #PBS -l jobfs=100GB #PBS -l software=g09 #PBS -l wd module load gaussian/g09e01 g09 < inputdeck > outputfile 2>&1 

Поэтому, как указано в Руководстве пользователя PBS Professional , все с -l – это ресурсы, которые будут выделены для задания.

Затем я попытался найти переменные среды, в которых хранятся значения ресурсов mem, ncpus и jobfs, поэтому я могу экспортировать $(some gaussian environment variable)=$(some PBS environment variable correspond to the resources) . Однако единственной переменной окружения PBS, которая хранит ресурсы, является PBS_NCPUS, поэтому казалось, что стратегия не будет работать

Итак, как я могу извлечь значения каждого типа ресурсов из директив PBS, чтобы я мог сопоставить их с переменными среды gaussian?

Interesting Posts

Правильное имя домена для серверной настольной машины

Почему определенные меню не читаются при использовании новой темы GTK + с Nautilus?

Как автоматизировать запись из шаблона в нескольких файлах в зависимости от разных входов со сценарием?

Как перезагрузить ~ / .dir_colors?

Утилита командной строки для чтения табличных данных

Где проверить связанные с ntp журналы на Sun Solaris?

Где файлы, созданные «make modules» при создании и компиляции ядра Linux?

Как мне выполнить фоновое представление / возвращение раньше?

Декодировать / суммировать журналы strace

Внешний диск – как обеспечить читаемость всеми без необходимости корневых перм?

Что означает «> |» -reirection («большая труба» -определение)?

Как команды типа ls или stat различают тип файла?

Как получить исходный код запуска Fedora Linux?

Почему uname -m сообщает по-разному в среде chroot и schroot?

Удалить целую строку, если после ":" меньше 4 символов

Linux и Unix - лучшая ОС в мире.