Как извлечь значения ресурсов, указанных в директиве PBS, чтобы они могли отображаться в другие переменные среды?

Этот вопрос возникает при попытке найти скрипт в моем компьютерном кластере, который может позволить более удобное управление квантовохимическими расчетами на гауссовском языке. Руководство пользователя моего хоста дает следующее:

Gaussian 09 предлагает альтернативный способ передачи значений программы для количества процессоров, объема памяти и дискового пространства для использования. Вместо указания% mem,% nprocshared и Maxdisk во входном файле, вы можете найти более привлекательным для использования переменных среды Gaussian $ GAUSS_PDEF, $ GAUSS_MDEF и $ GAUSS_RDEF. Использование этих переменных позволяет преобразовать значения задания PBS для ncpus, mem и jobfs в переменные среды, которые читаются Gaussian 09. Мы предлагаем вам попробовать скрипт bash 'g09.sh' вместо 'g09' в команде строка сценария PBS. Скрипт выполняет это преобразование для вас и запускает программу, информируя ее о настройках PBS. Синтаксис использования скрипта прост:

К сожалению, похоже, что скрипт больше не существует в кластере (и я не могу полностью проверить это, так как в качестве пользователя доступ не разрешен в / root, хотя я действительно могу попасть в папку / и проверить / приложения и / модули, которые хранит программное обеспечение и модули среды.

Это означает, что я должен основываться на этой информации, пытаясь написать собственный скрипт, который выполняет ту же задачу для меня. Типичный PBS, используемый хостом, выглядит следующим образом:

#!/bin/bash #PBS -l walltime=20:00:00 #PBS -l ncpus=4 #PBS -l mem=4GB #PBS -l jobfs=100GB #PBS -l software=g09 #PBS -l wd module load gaussian/g09e01 g09 < inputdeck > outputfile 2>&1 

Поэтому, как указано в Руководстве пользователя PBS Professional , все с -l – это ресурсы, которые будут выделены для задания.

Затем я попытался найти переменные среды, в которых хранятся значения ресурсов mem, ncpus и jobfs, поэтому я могу экспортировать $(some gaussian environment variable)=$(some PBS environment variable correspond to the resources) . Однако единственной переменной окружения PBS, которая хранит ресурсы, является PBS_NCPUS, поэтому казалось, что стратегия не будет работать

Итак, как я могу извлечь значения каждого типа ресурсов из директив PBS, чтобы я мог сопоставить их с переменными среды gaussian?

Interesting Posts

Совместное использование соединений socks5 со второй системой сетевого адаптера

Почему я получаю это в конце команды `last`?

Как определить, какие инструкции выполняет процесс?

Как сообщить сеансу сеанса для восстановления его сокета?

Как найти резервные файлы Emacs?

Постоянная конфигурация гостевой виртуальной машины Virtualbox

Как запустить команду, как если бы она вызывается из cron

Ящик BSD, на котором работает PFSense, сообщает о необычной емкости диска

подсчет количества строк с определенным текстом и извлечение строк из положительных результатов

Значение `expr 'hello": "\ ( * \)" `?

Клиент OpenVPN: ERROR: команда добавления маршрута Linux неудалась

Что произойдет, если я установлю дистрибутив GNU / Linux для ARMv7h на машине ARMv7l?

Пересылка TCP через SSH с использованием учетной записи, отличной от root

Получение ошибок Python всякий раз, когда я пытаюсь использовать терминал в Linux Mint

В чем разница между #! / Bin / bash и #! / Usr / bin / env bash

Linux и Unix - лучшая ОС в мире.