Intereting Posts
Могут ли Linux-программы отправляться команда SIGXXX, на которую они могут отвечать в пользовательском интерфейсе? Перенос содержимого блочных устройств Кали не признает ALFA AWUS051NH samba с OpenLDAP – NT_STATUS_NO_SUCH_USER tar + gz файлы из папки как есть, без помещения во все подпапки Пакеты Linux – Отдельные внешние библиотеки Python из системы Характеристики полосы пропускания, CPU и памяти возвращаются в одной строке от терминала Cron для удаления определенных файлов из определенного каталога Необходимо изменить точку монтирования LVM / u001 / app / oracle на / u001 / Почему 666 разрешений на создание файлов по умолчанию? использование tee для вывода промежуточных результатов в stdout вместо файлов Перенаправление на услуги в NAT или Bridged Network только с одним поддоменом Что делает командная команда с акцентом? если существует переменная env, выйдите из сценария logrotate записывает старый app.log.1 вместо app.log

замещение процесса с помощью <(gunzip …) не выполняется

Следующий код возвращает: синтаксическая ошибка рядом (

 #!/bin/bash myprogram -i <(gunzip -c file.gz) -j <(gunzip -c file2.gz) 

Кажется, он не похож на скобки. Как я могу заставить этот скрипт работать? Если я запускаю ту же команду для оболочки Linux, она работает. Это когда я пытаюсь запустить скрипт с командой внутри, что он не работает. Нужно ли мне защищать скобки или так?

Точная командная строка, которая работает вне сценария (командной строки), такова:

  kaiju -z 1 -a greedy -m 5 -s 70 -x \ -t /db/kaiju/nodes.dmp -f /db/kaiju/kaiju_db_nr_euk.fmi \ -i <(gunzip -c files/mapped_reads_to_extracted_marker_genes/1/1.1.1.bin.13.genes.fa.R1.fq.gz) \ -j <(gunzip -c files/mapped_reads_to_extracted_marker_genes/1/1.1.1.bin.13.genes.fa.R2.fq.gz) 

Извините за длинную линию (kaiju – программа с открытым исходным кодом для биоинформатики). Внутри скрипта он выходит из строя с ошибкой выше

 bash --version GNU bash, version 4.1.2(1)-release (x86_64-redhat-linux-gnu) Copyright (C) 2009 Free Software Foundation, Inc. License GPLv3+: GNU GPL version 3 or later <http://gnu.org/licenses/gpl.html>