Создание файла fasta из 2 разных файлов

У меня есть 2 файла file1.seq и file2.seq .

Они выглядят так:

 file1.seq ACGGTGTGATG file2.seq CGTGATGATGT 

Я хочу сделать один файл fasta, который будет выглядеть так:

 >file1.seq ACGGTGTGATG >file2.seq CGTGATGATGT 

Как я могу это сделать?

С простой петлей:

 for f in file*.seq; do printf ">%s\n" "$f"; cat -- "$f"; done >newfile 
  • Цикл for работает через все файлы в каталоге, соответствующем file*.seq .
  • printf ptints имя файла.
  • и cat печатает содержимое этого файла.
  • >newfile redirecty everthing для нового файла с именем newfile .

Или с awk :

 awk 'FNR==1{print ">"FILENAME}1' file*.seq 
  • FNR==1 – текущий номер записи в файле
    • print ">"FILENAME распечатать имя файла с помощью ведущего >
  • 1 во всех остальных случаях печатает строку.