Создание файла fasta из 2 разных файлов

У меня есть 2 файла file1.seq и file2.seq .

Они выглядят так:

 file1.seq ACGGTGTGATG file2.seq CGTGATGATGT 

Я хочу сделать один файл fasta, который будет выглядеть так:

 >file1.seq ACGGTGTGATG >file2.seq CGTGATGATGT 

Как я могу это сделать?

One Solution collect form web for “Создание файла fasta из 2 разных файлов”

С простой петлей:

 for f in file*.seq; do printf ">%s\n" "$f"; cat -- "$f"; done >newfile 
  • Цикл for работает через все файлы в каталоге, соответствующем file*.seq .
  • printf ptints имя файла.
  • и cat печатает содержимое этого файла.
  • >newfile redirecty everthing для нового файла с именем newfile .

Или с awk :

 awk 'FNR==1{print ">"FILENAME}1' file*.seq 
  • FNR==1 – текущий номер записи в файле
    • print ">"FILENAME распечатать имя файла с помощью ведущего >
  • 1 во всех остальных случаях печатает строку.
  • Удаление файлов, если содержимое не соответствует шаблону
  • Что такое хорошая стратегия для создания и копирования файлов в атомарном виде
  • Не удается удалить файл на разделе NTFS, событие с правами root
  • Почему следующий скрипт удаляет себя?
  • Разрешения для файлов для root
  • Возможно ли интегрировать файлы zip и tar.gz в качестве каталога в файловую систему
  • Как найти / перечислить все файлы в файловой системе с определенным SELinux «fcontext»
  • Редактирование текстового файла с Vim не обновляет tail -f
  • Найти самые большие файлы с каждой даты в каталоге
  • Как передать (на USB-накопитель) или прочитать файл .odt в командной строке?
  • Могу ли я создать символическую ссылку, которая будет игнорировать подкаталоги?
  • Interesting Posts

    Разделение файла по размеру, но убедитесь, что оно заканчивается символом новой строки

    Как просмотреть вывод запущенной программы поверх ssh

    Поддерживается ли спрятанное дерево устройств в Sparc 32-порте ядра Linux?

    Повторно заменять строку

    Автоматическая установка usb и наличие метки usb в качестве точки монтирования

    Почему мои разделы не отображают нужную емкость на 4096-битном физическом блочном жестком диске?

    Как понимать поле «Заменяет» в выводе «apt-cache зависит»?

    Конфигурация IPv6 pfSense

    Объединение содержимого нескольких CSV-файлов в один файл .csv

    Разрешить Rygel разговаривать с NetworkManager через DBUS?

    Как выглядят крупные компьютеры, на которых были подключены реальные терминалы?

    поведение ssh для пользователя root и non-root

    Как правильно настроить «Creative Sound Core 3D» на Debian Jessie?

    Рекурсивно найти файлы по содержанию

    Как запускать программы в песочнице?

    Linux и Unix - лучшая ОС в мире.