Создание файла fasta из 2 разных файлов

У меня есть 2 файла file1.seq и file2.seq .

Они выглядят так:

 file1.seq ACGGTGTGATG file2.seq CGTGATGATGT 

Я хочу сделать один файл fasta, который будет выглядеть так:

 >file1.seq ACGGTGTGATG >file2.seq CGTGATGATGT 

Как я могу это сделать?

One Solution collect form web for “Создание файла fasta из 2 разных файлов”

С простой петлей:

 for f in file*.seq; do printf ">%s\n" "$f"; cat -- "$f"; done >newfile 
  • Цикл for работает через все файлы в каталоге, соответствующем file*.seq .
  • printf ptints имя файла.
  • и cat печатает содержимое этого файла.
  • >newfile redirecty everthing для нового файла с именем newfile .

Или с awk :

 awk 'FNR==1{print ">"FILENAME}1' file*.seq 
  • FNR==1 – текущий номер записи в файле
    • print ">"FILENAME распечатать имя файла с помощью ведущего >
  • 1 во всех остальных случаях печатает строку.
  • Команда `size` от Linux дает разные результаты от` ls`
  • Ищете ресурсы: например, C doc для чтения файлов и их атрибутов? (В Linux)
  • Есть ли команда для перечисления файлов, исключение подкаталогов и отображение размера и даты?
  • Невозможно прочитать файл / proc / pid / stack даже с соответствующими разрешениями
  • В системах Unix, почему мы должны явно открывать файлы `open ()` и `close ()`, чтобы они могли читать `read ()` или `write ()` them?
  • Удаление файлов по годам
  • Undeletable directory
  • Как использовать результаты «файла» (Имя приложения: Microsoft Word) для поиска определенной строки?
  • Преобразование идентичных файлов в hardlinks
  • команда «find ... -exec mv ...» создала файл со странным контентом
  • Временная отметка файла на установленном диске показывает 1 час отставания
  • Interesting Posts

    Найти все измененные файлы svn и скопировать файлы, измененные в одной структуре папок

    Карта нестандартных скрытых отчетов для scancodes для игровой клавиатуры Logitech G105

    Как вернуть каталог для данного исполняемого файла?

    GRUB: как изменить диск по умолчанию для будущих обновлений ОС?

    Debian Jessie не может установить расширение GNOME, не обнаружен собственный соединитель узла

    Gparted ошибка? Окно закрывается, но оно не выходит

    Поведение ALT в приложениях Qt5

    Почему разные терминалы имеют разные значения для ключей в файле .inputrc?

    Правильный способ создания «постоянного» RAM fs

    Существуют ли какие-либо другие дистрибутивы Linux, которые автоматически получают UEFI?

    Щелчки мыши не будут работать (Linux Mint KDE)

    Сеть Red Hat (RHN) и обновления пакетов

    Нажмите кнопку html через скрипт оболочки?

    Как избавиться от горизонтального разделения в dwm

    Диск занят 101% все время

    Linux и Unix - лучшая ОС в мире.