выход фильтра для значения e

Я запускал BlastX против базы данных SwissProt с порогом -evalue 1e-3.

Результат выглядит так:

>TCONS_00006082 sp|P43298|TMK1_ARATH 57.89 57 23 2 459 292 751 806 8e-11 67.4 >TCONS_00006082 sp|P0DH62|Y4407_SELML 69.05 42 12 1 435 313 373 414 1e-08 60.1 >TCONS_00006082 sp|Q8RWZ5|SD25_ARATH 56.52 46 19 1 435 301 659 704 1e-08 60.1 >TCONS_00006082 sp|Q8VYA3|WAKLJ_ARATH 41.43 70 40 1 477 271 586 655 5e-08 58.2 >TCONS_00006082 sp|Q9C9L5|WAKLH_ARATH 40.00 70 41 1 477 271 600 669 5e-08 58.2 >TCONS_00006082 sp|P93749|Y2197_ARATH 40.54 74 43 2 501 283 225 297 6e-08 57.8 >TCONS_00006082 sp|Q9M342|WAKLP_ARATH 34.52 84 54 2 519 271 504 580 6e-08 57.8 

Теперь я хочу отфильтровать эти идентификаторы с электронным значением (поле 11)> 0.001. Как я могу это сделать?

  • Внедрить включение другого файла в поток (чтение из stdin)
  • Другой вопрос awk (ward) - подстановка подстроки с несколькими ключами
  • получить все строки, имеющие значение столбца, большее порога
  • как массировать или форматировать html для анализа с помощью xmstarlet?
  • замена набора персонажей PIPE
  • Неанглийские буквы в html2text?
  • удалите столбец массива разной длины
  • Перечисленная частота различных строк в отдельной колонке
  • 2 Solutions collect form web for “выход фильтра для значения e”

    Вы можете просто использовать awk , я полагаю, что 11-е поле – это значение, которое вы имеете в виду:

     awk '$11>0.001{print $0}' file 

    awk понимает научную нотацию и печатает всю строку, если утверждение верно.

    Примечание . Из вывода в вашем вопросе ни одна строка не соответствует критериям> 0.001, поэтому строка не печатается. Вместо этого вы можете протестировать его следующим образом:

     awk '$11>0.00000001{print $0}' file 

    Должны быть напечатаны 4 строки.

    Если вы хотите получить решение в perl,

     perl -lane 'print $_ if ($F[10] >0.001)' file 

    -a автоматически разбивает каждую строку ввода и сохраняет столбцы в массиве @F а $F[0] будет иметь первый столбец.

    Linux и Unix - лучшая ОС в мире.