выход фильтра для значения e

Я запускал BlastX против базы данных SwissProt с порогом -evalue 1e-3.

Результат выглядит так:

>TCONS_00006082 sp|P43298|TMK1_ARATH 57.89 57 23 2 459 292 751 806 8e-11 67.4 >TCONS_00006082 sp|P0DH62|Y4407_SELML 69.05 42 12 1 435 313 373 414 1e-08 60.1 >TCONS_00006082 sp|Q8RWZ5|SD25_ARATH 56.52 46 19 1 435 301 659 704 1e-08 60.1 >TCONS_00006082 sp|Q8VYA3|WAKLJ_ARATH 41.43 70 40 1 477 271 586 655 5e-08 58.2 >TCONS_00006082 sp|Q9C9L5|WAKLH_ARATH 40.00 70 41 1 477 271 600 669 5e-08 58.2 >TCONS_00006082 sp|P93749|Y2197_ARATH 40.54 74 43 2 501 283 225 297 6e-08 57.8 >TCONS_00006082 sp|Q9M342|WAKLP_ARATH 34.52 84 54 2 519 271 504 580 6e-08 57.8 

Теперь я хочу отфильтровать эти идентификаторы с электронным значением (поле 11)> 0.001. Как я могу это сделать?

  • Команда для поиска длин файлов / путей, которые слишком велики для записи на DVD?
  • Извлечь строку, если оба значения столбца отображаются в одном столбце из отдельного файла
  • подсчет числа определенной строки в каждой строке
  • Как форматировать вывод из nmap в определенном предопределенном формате
  • Как разбирать строку для номера порта в ksh
  • Считайте и объедините последовательные паттерны
  • Заменить \ n пустым в файле
  • Разделить на несколько файлов на основе первого столбца при согласовании числовых диапазонов в другом столбце с awk
  • 2 Solutions collect form web for “выход фильтра для значения e”

    Вы можете просто использовать awk , я полагаю, что 11-е поле – это значение, которое вы имеете в виду:

     awk '$11>0.001{print $0}' file 

    awk понимает научную нотацию и печатает всю строку, если утверждение верно.

    Примечание . Из вывода в вашем вопросе ни одна строка не соответствует критериям> 0.001, поэтому строка не печатается. Вместо этого вы можете протестировать его следующим образом:

     awk '$11>0.00000001{print $0}' file 

    Должны быть напечатаны 4 строки.

    Если вы хотите получить решение в perl,

     perl -lane 'print $_ if ($F[10] >0.001)' file 

    -a автоматически разбивает каждую строку ввода и сохраняет столбцы в массиве @F а $F[0] будет иметь первый столбец.

    Interesting Posts

    Как grep / print значение ключа в json, которое хранится в переменной?

    изменение источника для пакетов после debian 8 cdrom install

    Хороший способ не допустить, чтобы учащийся от настроек программы messing в / home / user

    Как смонтировать блок-устройство с одного компьютера на другой через сеть в качестве блок-устройства?

    Ошибка после установки dnf на CentOS 7

    Почему «kill -l» не отображает номера сигналов 32 и 33?

    Установить теорию с помощью инструментов unix: «расслабленное» пересечение двух списков, где элемент в наборе 1 является по меньшей мере подстрокой элементов в наборе 2

    PostgreSQL Ubuntu 16.04

    Существуют ли процессы, у которых нет родителя?

    Обмен нечетными и четными страницами в pdf-файле?

    Карабинерские функции с xmodmap

    Как искать пакеты, которые больше не доступны для установки?

    Что запускает приглашение для входа в RHEL?

    unison "конец исключения файла"

    Загрузка ядра (изображение FIT) без rootfs

    Linux и Unix - лучшая ОС в мире.