выход фильтра для значения e

Я запускал BlastX против базы данных SwissProt с порогом -evalue 1e-3.

Результат выглядит так:

>TCONS_00006082 sp|P43298|TMK1_ARATH 57.89 57 23 2 459 292 751 806 8e-11 67.4 >TCONS_00006082 sp|P0DH62|Y4407_SELML 69.05 42 12 1 435 313 373 414 1e-08 60.1 >TCONS_00006082 sp|Q8RWZ5|SD25_ARATH 56.52 46 19 1 435 301 659 704 1e-08 60.1 >TCONS_00006082 sp|Q8VYA3|WAKLJ_ARATH 41.43 70 40 1 477 271 586 655 5e-08 58.2 >TCONS_00006082 sp|Q9C9L5|WAKLH_ARATH 40.00 70 41 1 477 271 600 669 5e-08 58.2 >TCONS_00006082 sp|P93749|Y2197_ARATH 40.54 74 43 2 501 283 225 297 6e-08 57.8 >TCONS_00006082 sp|Q9M342|WAKLP_ARATH 34.52 84 54 2 519 271 504 580 6e-08 57.8 

Теперь я хочу отфильтровать эти идентификаторы с электронным значением (поле 11)> 0.001. Как я могу это сделать?

2 Solutions collect form web for “выход фильтра для значения e”

Вы можете просто использовать awk , я полагаю, что 11-е поле – это значение, которое вы имеете в виду:

 awk '$11>0.001{print $0}' file 

awk понимает научную нотацию и печатает всю строку, если утверждение верно.

Примечание . Из вывода в вашем вопросе ни одна строка не соответствует критериям> 0.001, поэтому строка не печатается. Вместо этого вы можете протестировать его следующим образом:

 awk '$11>0.00000001{print $0}' file 

Должны быть напечатаны 4 строки.

Если вы хотите получить решение в perl,

 perl -lane 'print $_ if ($F[10] >0.001)' file 

-a автоматически разбивает каждую строку ввода и сохраняет столбцы в массиве @F а $F[0] будет иметь первый столбец.

  • Удалите слова (буквы, за которыми следует пробел) из определенного столбца
  • сохраняйте только те столбцы в первом файле, которые их номера столбцов соответствуют номерам во втором файле
  • Поиск на основе абзаца с использованием до и после условий UNIX KSH
  • Как сопоставить текст между строкой и пробелом
  • Печать диапазона разделенных запятыми столбцов, а остальное без разделения запятой
  • Build table - добавить столбец в зависимости от имени файла
  • Замена подстроки в файле a строкой в ​​файле b при совпадении
  • Единая команда для перемещения домена из локальных областей cPanel в файл remotedomains?
  • Обработка сводной таблицы из командной строки
  • Объединение записей из двух отсортированных файлов
  • Grep / awk / sed для строк, состоящих только из двух букв, и строк, начинающихся с буквы и встречающих определенную длину
  • Linux и Unix - лучшая ОС в мире.