выход фильтра для значения e

Я запускал BlastX против базы данных SwissProt с порогом -evalue 1e-3.

Результат выглядит так:

>TCONS_00006082 sp|P43298|TMK1_ARATH 57.89 57 23 2 459 292 751 806 8e-11 67.4 >TCONS_00006082 sp|P0DH62|Y4407_SELML 69.05 42 12 1 435 313 373 414 1e-08 60.1 >TCONS_00006082 sp|Q8RWZ5|SD25_ARATH 56.52 46 19 1 435 301 659 704 1e-08 60.1 >TCONS_00006082 sp|Q8VYA3|WAKLJ_ARATH 41.43 70 40 1 477 271 586 655 5e-08 58.2 >TCONS_00006082 sp|Q9C9L5|WAKLH_ARATH 40.00 70 41 1 477 271 600 669 5e-08 58.2 >TCONS_00006082 sp|P93749|Y2197_ARATH 40.54 74 43 2 501 283 225 297 6e-08 57.8 >TCONS_00006082 sp|Q9M342|WAKLP_ARATH 34.52 84 54 2 519 271 504 580 6e-08 57.8 

Теперь я хочу отфильтровать эти идентификаторы с электронным значением (поле 11)> 0.001. Как я могу это сделать?

  • Добавить несколько строк, заданных как verbatim bash, после согласованной строки в файле?
  • замените несколько запятых на одну или несколько наборов фигурных скобок и исключение, что в одном или нескольких наборах фигурных скобок
  • awk: печатать строки после матча до конца файла
  • Количество вкладок в строке в текстовом файле с utils
  • Переименовать команду для удаления подстроки
  • Показывать точное количество записей CRLF в файле
  • Поиск заменить в файле XML с помощью sed или awk
  • выберите несколько столбцов на основе диапазонов, указанных в отдельном файле
  • 2 Solutions collect form web for “выход фильтра для значения e”

    Вы можете просто использовать awk , я полагаю, что 11-е поле – это значение, которое вы имеете в виду:

     awk '$11>0.001{print $0}' file 

    awk понимает научную нотацию и печатает всю строку, если утверждение верно.

    Примечание . Из вывода в вашем вопросе ни одна строка не соответствует критериям> 0.001, поэтому строка не печатается. Вместо этого вы можете протестировать его следующим образом:

     awk '$11>0.00000001{print $0}' file 

    Должны быть напечатаны 4 строки.

    Если вы хотите получить решение в perl,

     perl -lane 'print $_ if ($F[10] >0.001)' file 

    -a автоматически разбивает каждую строку ввода и сохраняет столбцы в массиве @F а $F[0] будет иметь первый столбец.

    Interesting Posts

    Удалить (на основе текста) Логотип Linux, который появляется после загрузки

    Как запустить процесс на ночь на удаленном сервере после выхода из системы ssh

    Сортировка вывода find -exec ls

    Bash в пространстве с двойными скобками, используя оператор «~ =»

    Процессор является бесплатным, но скрипт bash не использует все ресурсы ЦП

    восстановление раздела ext4 после dd'ing над запуском HD

    Получение файла с wget, когда имя файла может немного измениться

    Когда произвольные строки передаются для проверки двусмысленных

    Есть ли какая-либо связь между фрагментацией памяти и включен ли обмен в системе?

    Сценарий оболочки для объединения файлов свойств (sed / awk / comm / diff) для обновления rpm

    как разрешить конфликты портов

    Сколько типов архитектур и ОС

    Как изменить микширование каналов с помощью импульсного аудио / alsa

    Как получить исходный вывод форматирования команд?

    Почему lsof сообщает о большем количестве открытых файлов пользователя, чем то, что говорит ulimit?

    Linux и Unix - лучшая ОС в мире.