Вывод строк поиска с использованием grep в UNIX

Я пытаюсь использовать .txt-файл с примерно 5000 шаблонами (на расстоянии от строки) для поиска по другому файлу из 18000 строк для любых совпадений. До сих пор я пробовал все формы grep и awk, которые я могу найти в Интернете, и он все еще не работает, поэтому я полностью в тупике.

Вот текст из каждого файла.

Pattern.txt

rs2622590 rs925489 rs2798334 rs6801957 rs6801957 rs13137008 rs3807989 rs10850409 rs2798269 rs549182 

Нет лишних пробелов или чего-то еще.

File.txt

 snpid hg18chr bp a1 a2 zscore pval CEUmaf rs3131972 1 742584 AG 0.289 0.7726 . rs3131969 1 744045 AG 0.393 0.6946 . rs3131967 1 744197 TC 0.443 0.658 . rs1048488 1 750775 TC -0.289 0.7726 . rs12562034 1 758311 AG -1.552 0.1207 0.09167 rs4040617 1 769185 AG -0.414 0.6786 0.875 rs4970383 1 828418 AC 0.214 0.8303 . rs4475691 1 836671 TC -0.604 0.5461 . rs1806509 1 843817 AC -0.262 0.7933 . 

Файл file.txt был загружен непосредственно из каталога med.

Я довольно новичок в UNIX, поэтому любая помощь будет потрясающей!

Это копируется из stackoverflow. Я пробовал все, что было рекомендовано, но результат все еще пуст. Может, мне не хватает синтаксической проблемы или что-то в моих текстовых файлах?

PS Что я пробовал:

 grep -Fw -f Pattern.txt File.txt fgrep -f Pattern.txt File.txt FILENAME=$1 awk '{kount++;print $0}' $FILENAME | fgrep -f - Pattern.txt awk 'NR==FNR{pats[$0]; next} $2 in pats' Pattern.txt File.txt 

One Solution collect form web for “Вывод строк поиска с использованием grep в UNIX”

Попробуйте это с помощью GNU grep:

 grep -f Pattern.txt File.txt 
  • Добавить (изменить) каждый элемент массива через расширение параметра (т. Е. Без printf)?
  • ls для строки cut -f не работает
  • Может ли awk использовать идентификаторы полей также для строк оболочки (переменных)?
  • Есть ли простой способ получить массив всех аргументов, которые не начинаются с дефиса?
  • Поддерживает ли bash обратные ссылки при расширении параметров?
  • Объединение двух переменных приводит их в действие в Windows
  • Назначение по умолчанию для нулевой переменной с заменой команды
  • Скрипт командной строки с использованием строки
  • Проблема с sed в массиве, содержащем строки, содержащие пробелы
  • Заменяйте несколько строк за один проход
  • Печать диапазонов вывода с эхом
  • awk расширенное сопоставление шаблонов (сопоставление шаблонов внедрения в действиях для уже сопоставленных строк)
  • Interesting Posts

    Как настроить OpenIndiana (151a8 aka «hipster») для разработки?

    Преобразование FLAC-файлов в OGG Vorbis

    Как выполнить bash (в скрипте) с собственным файлом .bash_logout?

    midnight commander: настройки для mcview не выполняются

    Выполнять как .test, а не ./test

    Отчет нескольких IP-адресов для трекера rtorrent

    Добавление столбца значений в файле с разделителями табуляции

    Простой способ найти файлы, применить изменения и записать в другой каталог под разными именами?

    Обновлять phpmyadmin вручную при установке в виде пакета

    недокументированное изменение поведения «локального», встроенного в bash 4.3?

    Использование расширения параметра для создания списка аргументов для `mkdir -p`

    Как получить Cuda 7, работающий над технологией Optimus в Linux.

    Возобновление ddrescue всегда перезапускается при первой попытке?

    Файловая система загрузочного диска

    сравнивать и сопоставлять несколько файлов по шаблону

    Linux и Unix - лучшая ОС в мире.