Intereting Posts
Как сохранить переменные awk в области видимости? Поможет ли установка пользовательской оболочки на nologin запретить им доступ к SFTP? Как подключить хосты домена IDN в сценарии bash? Могу ли я управлять графической программой из командной строки? Как сделать, чтобы Evince открывал несколько PDF-документов на вкладках, а не отдельно? синхронизировать только самые новые файлы и папки, ограничить размер Разрывание экрана в матте с помощью compiz, а не разрывание экрана с помощью KDE или Unity Force IPv6 только через Miredo Как получить информацию о ходе выполнения однолинейной игры mplayer? Какие параметры были использованы apt-get для установки скриптов инициализации для пакета? Что означает $ _ Почему пакеты .so предоставляются пакетами devel? Указатель мыши движется самостоятельно Использование aplay и выбор того, какой вывод на карте использовать Почему я должен вызывать mknod извне, а не непосредственно в моем драйвере?

Извлечение списка шаблонов, которые выводятся из другой команды

Я могу извлечь список шаблонов, используя следующую команду,

fgrep -A 1 -f patternlist.txt filename.fasta 

но, есть ли способ, который я могу извлечь без создания другого файла (patternlist.txt в этом случае) из другого вывода команды?

Такие как:

 cut -d " " Cell_cycle.txt -f 1 | grep ...???... filename.fasta 

РЕДАКТИРОВАТЬ:

Cell_cycle.txt выглядит так:

 $ cat Cell_cycle_Kegg_pathway ctg2977_3.g207.t1 K06626 P05_Ctg654_12.g311.t2 K03094 P06_Ctg710_7.g346.t1 K05868 

Я хочу взять первый столбец и извлечь эти последовательности из файла fasta.

EDIT 2:

У меня есть список последовательностей в UniqueSeq_28Dec2014.fasta

 >ctg1474_1.g69.t1 (first line) atgaaatgttggtgcagcgccctggcacttctcc...... (second line) >ctg1475_1.g70.t1 (third line) atgaaattgcagcgccctggcacttctcctgcag...... (fourth line) 

Я хочу напечатать первые две последовательности (из строк с 1 по 4). Тем не менее, я не хочу использовать head -4 UniqueSeq_28Dec2014.fasta который также может выдавать мой вывод, но я хочу его использовать замену процесса.

Я попробовал следующую команду, но, похоже, не работает. Я просто вижу 4 пустые строки.

 grep -A 1 -Ff <(grep '>' UniqueSeq_28Dec2014.fasta |head -4) UniqueSeq_28Dec2014.fasta 

Использовать замену процесса <() :

 fgrep -A 1 -f <(cut -d " " -f 1 Cell_cycle.txt) filename.fasta 

Также это (для немного более короткого и более читаемого):

 grep -Ff <(awk '{print $1}' Cell_cycle.txt) filename.fasta