Вопрос о расширении параметров

 for f in ~/1/2/*/*_1.txt; do file_without_path="${f##*/}" exptool input1= "${file_without_path}" input2= "${file_without_pathf%_1.txt}_2.txt" done 

Вы просто сделали синтаксическую ошибку: вы написали "{$f%_1.txt}_2.txt" а правильная форма – "${f%_1.txt}_2.txt" (вы "${f%_1.txt}_2.txt" $ ).
🙂
Edit: woops, я понял, что неправильно, потому что в блоке "${f%_1.txt}_2.txt" f -прежнему является user/admin/1/2/a/preQC_1.txt поэтому в основном "${f%_1.txt}_2.txt" – это user/admin/1/2/a/preQC_2.txt , чего вы не хотите.
Я бы рекомендовал сначала обновить значение f , например

 for f in ~/1/2/*/*_1.txt f=${f##*/} do exptool input1= "$f" input2= "${f%_1.txt}_2.txt" done 

который в значительной степени присоединяется к ответу Хауке Лейджинга.