цикл через файл на 2 строки в оболочке

У меня есть файл, который выглядит так:

>a TCCACTCCACGC >b ACCTCCAG 

Я хочу, чтобы цикл через файл таким образом, что он принимает во внимание 2 строки за раз, т. Е. >a и его последовательность, а затем я хочу сохранить эти 2 строки в переменной, а затем использовать мои инструменты биоинформатики clustalomega

Что-то вроде этого

 for lines in test.fa; do clustalo -i $capture -o outputfile; done 

где первая фиксированная переменная захвата имеет этот формат

 >a TCCACTCCACGC 

затем в следующий раз

 >b ACCTCCAG 

Как я могу это сделать?

One Solution collect form web for “цикл через файл на 2 строки в оболочке”

Чтобы собрать две строки, разделенные новой строкой в ​​переменной …

 while read line1 && read line2 do bothlines=$line1$'\n'$line2 do_something_with "$bothlines" done < test.fa 

(работает с ksh, bash, zsh)

  • Разделить файл на несколько файлов на основе шаблона
  • logstash: попытка извлечь подстроки из пути
  • Как проверить нулевые поля в CSV-файле?
  • Как я могу сопоставить строку, когда ей не предшествует цифра с помощью awk?
  • Есть ли инструмент, который комбинирует zcat и cat прозрачно?
  • Изменить строку, если оригинал не соответствует определенной строке.
  • Колонки заказов в файле CSV
  • Как grep -v, а также исключить следующую строку после матча?
  • Обработка 3 файлов с помощью awk
  • Inderect ссылки aka значение значения в awk
  • Как использовать grep для возврата строк с шестнадцатеричным числом в заданном диапазоне?
  • Interesting Posts

    Как добавить программное обеспечение в список под «open with» другими приложениями в Linux Mint 16?

    Невозможно правильно установить драйвер графического процессора AMD на гибридном ноутбуке

    Использование разделителя табуляции в срезе в Unix Shell Scripting

    Автоматическое обнаружение новых файлов и их загрузка

    Как отключить изменение размера терминала

    Не удалось сохранить вывод команды в переменной

    заменить полный запятый запятой

    Проблема использования Bizarre Disk

    Debian jessie. нуво, MMIO читал ошибку в … но. Любая работа вокруг?

    Когда btrfs выделяет пространство?

    Сбой жесткого диска у поставщика услуг – как восстановить / восстановить данные из / на рейде

    В Linux я бы использовал «/ opt» для пользовательского программного обеспечения. В FreeBSD?

    Маскарадинг в качестве другого пользователя из файла sudoers?

    Клонировать весь раздел или жесткий диск в разреженный файл

    Что такое надежный / правильный способ установки имени хоста и домена в CentOS

    Linux и Unix - лучшая ОС в мире.