цикл через файл на 2 строки в оболочке

У меня есть файл, который выглядит так:

>a TCCACTCCACGC >b ACCTCCAG 

Я хочу, чтобы цикл через файл таким образом, что он принимает во внимание 2 строки за раз, т. Е. >a и его последовательность, а затем я хочу сохранить эти 2 строки в переменной, а затем использовать мои инструменты биоинформатики clustalomega

Что-то вроде этого

 for lines in test.fa; do clustalo -i $capture -o outputfile; done 

где первая фиксированная переменная захвата имеет этот формат

 >a TCCACTCCACGC 

затем в следующий раз

 >b ACCTCCAG 

Как я могу это сделать?

One Solution collect form web for “цикл через файл на 2 строки в оболочке”

Чтобы собрать две строки, разделенные новой строкой в ​​переменной …

 while read line1 && read line2 do bothlines=$line1$'\n'$line2 do_something_with "$bothlines" done < test.fa 

(работает с ksh, bash, zsh)

  • Как обрабатывать текстовый файл с несколькими столбцами для получения другого текстового файла с несколькими столбцами?
  • Как выбрать несколько строк из одного входа и сохранить их в разные файлы одновременно?
  • Греп, который работает с перекрывающимися узорами
  • Укажите строки в awk?
  • Номер одной строки в каждом текстовом файле
  • Сравните файл с столбцом другого файла
  • Найти максимальную длину символов в поле
  • как печатать, если строка содержит определенный шаблон и не печатать, если она не содержит шаблон
  • Как я могу улучшить вывод find и grep?
  • Поиск строк, которые находятся в одном файле, но не в других, используя Unix и Awk
  • Как сделать df только в корневом разделе?
  • Linux и Unix - лучшая ОС в мире.